Pět ministerstev doporučilo hájit trasu vodního koridoru Dunaj-Odra-Labe 

Ministerstvo dopravy: Požaduje s ohledem na zachování potenciálu alternativy k silniční dopravě, usilování o minimalizaci spotřeby energie a emisí hluku, znečišťujících látek a skleníkových plynů v důsledku přepravy zboží a využívání dalších pozitiv případné realizace sledovaných větví průplavního spojení D-O-L na území České republiky zachování územní ochrany průplavního spojení D-O-L. Současně požaduje zapracovat koridor průplavního spojení do Politiky územního rozvoje.

Ministerstvo průmyslu a obchodu: S ohledem na přínos plánovaného průplavního spojení Dunaj-Odra-Labe pro rozvoj podnikatelského prostředí v České republice je účelné zachovat územní ochranu koridoru průplavního spojení. Doporučuje doplnit do usnesení vlády úkol pro ministra dopravy, který zní: „vypracovat ve spolupráci s ministrem financí analýzu potřebných investic na realizaci koridoru průplavního spojení Dunaj-Odra-Labe včetně prověření možnosti financování plánovaného projektu z evropských fondů".

Ministerstvo zemědělství: Doporučuje i nadále zachovat územní ochranu průplavního spojení Dunaj-Odra-Labe.

Ministerstvo pro místní rozvoj: Doporučuje i nadále zachovat územní ochranu průplavního spojení Dunaj-Odra-Labe a zapracovat koridor průplavního spojení do Politiky územního rozvoje.

Ministerstvo životního prostředí: Ministerstvo životního prostředí konstatuje, že povolení kanálu Dunaj – Odra – Labe se ve většině jeho úseků procházejících územími se zájmy ochrany přírody a krajiny neslučuje s platnou legislativou v oblasti ochrany přírody a krajiny. Pro další rozhodování vlády České republiky považujeme za nezbytné zjistit skutečný stav věci v sousedních zemích – Polsku, Rakousku a na Slovensku, neboť bez zajištění návaznosti v těchto zemích nemá územní ochrana kanálu Dunaj – Odra – Labe opodstatnění v žádné z variant. Teprve v případě, že by se potvrdila vážně míněná snaha těchto zemí o vybudování vodní cesty, má následně smysl pokoušet se hledat trasu kanálu přijatelnou z hlediska ochrany přírody a krajiny. Podstatné je proto také projednání s příslušnými ředitelstvími Evropské komise z hlediska slučitelnosti záměru s legislativou Evropské unie. Záležitost má výrazně meziresortní charakter a zároveň je nutný jednotný a transparentní postup, jakož i garance z hlediska mezinárodní diplomacie. Navrhuje se proto, aby pověření zástupci dotčených ministerstev (Ministerstva dopravy, Ministerstva životního prostředí, Ministerstva zemědělství a Ministerstva pro místní rozvoj) pod garancí Ministerstva zahraničních věcí společně pracovně vyjeli na dotčené státní úřady Polska, Rakouska a Slovenska a na příslušné ředitelství Evropské komise a vzájemně transparentní formou zjistili skutečný stav plánování, územní ochrany a environmentální reálnosti navazujících úseků vodních cest. MŽP navrhuje uložit usnesením vlády České republiky ministrovi zahraničních věcí ve spolupráci s ministrem dopravy, místopředsedou vlády a ministrem životního prostředí, ministrem zemědělství a ministrem pro místní rozvoj zajistit projednání koridoru průplavního spojení D-O-L se sousedními státy a s Evropskou komisí za účelem finálního rozhodnutí ohledně dalšího územního hájení koridoru D-O-L. Teprve po zjištění mezinárodních okolností může vláda rozhodnout o dalším postupu.

Ministerstvo financí: Je účelné zajistit územní ochranu průplavního spojení DOL do doby projednání účelu daného záměru na úrovni EU s příslušnými členskými zeměmi. Vzhledem ke stavebnímu zákonu je pro její zajištění nejlepší Politika územního rozvoje ČR jako nástroj územního plánování. Vyhodnoceny by měly být i ekonomické přínosy pro dopravce a dotčené území. Kromě toho smyslem úkolu by již nemělo být zvážení dalšího územního hájení koridoru D - O - L, ale konečné rozhodnutí o jeho územní ochraně.